يتفق العديد من الباحثين إلي وجود العديد من المعوقات التي تحول دون النجاح الكامل في مجال تطبيق الجودة الشاملة في التعليم العام والعالي وأهمها :
1- نقص الإمكانات المادية وضعف مدخلات التعليم المتوفرة مقارنة بالدول المتقدمة التي تطبق الجودة الشامة .2- ضعف ثقافة الجودة لدي العاملين في مجال التعليم العام والعالي وحتي المسستفيدين من برامج الجودة الشاملة في المجتمع .3- نتائج تطبيق الجودة الشاملة تحتاج إلي مدة زمنية طويلة نسبيا وتطبيق خطط استراتيجية طويلة المدي ، وليس تخطيط تكتيكي سريع يرغب مطبقين الجودة رؤية نتائج سريعة لعملهم.
4- أصبح تطبيق الجودة الشاملة مفهوما يركز علي الشكل وليس علي المضمون ، بمعني أن المؤسسات التعليمية تسعي إلي إنشاء دوائر ومراكز في الجامعات تتعلق بالجودة الشاملة بشكل شكلي دون الوعي الكامل بآليات التطبيق والتنفيذ ودون الدعم المادي والمعنوي من الإدارة العليا .5- عدم وجود تعاون كامل بين الجامعات ومراكز الجودة فيها بالعناصر والمؤسسات المستفيدة من الجودة ، بمعني ضعف العلاقة بين الجامعات والمجتمع المحلي.
6- إمكانات المدارس والنظام المركزي المطبق في مجال التعليم لا يسمح للمديرين والمعلمين بالحرية الكاملة لتطبيق الجودة الشاملة ، وكذلك ضعف كفايات المعلمين والمديرين .